Prototype 2 قتل عام بی نظیر Prototype original اصلی را می گیرد و تجربه تبدیل شدن به سلاح نهایی تغییر شکل دهنده را ادامه می دهد. شیوع ویروسی ویرانگر جان خانواده گروهبان جیمز هلر را گرفته و وی را به یک پروتوتایپ تبدیل کرده است. با قدرت و توانایی های جدید تغییر شکل دهنده و باورنکردنی ، شما باید انتقام خود را از مرد مسئول: الکس مرسر ، شکار کنید ، بکشید و در سراسر زمین ویرانه آلوده نیویورک صفر به سر ببرید.